修正申告についての質問です

　私は現在無職です。平成15年度、私は学生だったのですが学校へ行かずアルバイトばかりやっていましたので200万以上は所得がありました。当時は確定申告や扶養控除等の税金関係のことに無知でしたので平成16年の確定申告の時期において確定申告をしませんでした。しかし平成16年の7月位に父の方(公務員)から平成15年度の私の所得関係の書類を会社に提出するので持ってきてほしいということだったのでもう学生時代のアルバイトも辞めてしまっていましたし、すぐに持ってこいということだったのであまり深く考えず役所に所得0で申請してしまいました。しかし扶養控除等のことを色々調べた結果これでは余計に控除等をされてしまっていてしかも私が支払うべき税金を支払っていないことを知りました。
　
　このままではよくないので税務署に行って修正申告をしっかりとして収めていない税金等をしっかりと収め、また余計に控除してもらった父の仕事先にも返還しなければいけないと思うのですがどのような手順で行えばよろしいのでしょうか？またペナルティ等はどうなりますでしょうか？行政の方には何か私個人としてチェックがつけられてしまうのでしょうか？とにかく早く解決したいのでお答え頂けると幸いです。よろしくお願いします。