こんなアニメ探してます！

『宇宙のステルヴィア』とかは？

２、2003年放送です。
７、SF学園アニメ　人類が宇宙規模の災害に立ち向かう話です。
４、ヒロイン（主人公）は情報分析の天才で、計算力で戦います。
３、競技としてのバトルや、UFOとの戦闘もあり。
１、制作サイドとしては続編を計画中、とありました(笑)
６、最終回直前には、主人公が自分の限界を感じて活動不能になります。
５、佐藤竜雄監督のオリジナルアニメです。

参考URL：http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/B00009Q …

他の方も書いておられますが

『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』は如何でしょうか。
1、続編『攻殻機動隊　S.A.C 2nd GIG』あり。
2、ここ２年程の作品ですので絵は最近のもの。
3、戦争、バトルもの。
4、知能戦の定義が良く分かりませんが、諜報・電脳戦・政治的駆け引き等があります。
5、一応原作は漫画です。
6、そういう話もあったように思います。
7、ヒロインがどうこうといった話ではありません。

「無限のリヴァイアス」は凄くオススメですよ！！続編はないのですがファンディスクやドラマＣＤが出ています。

絵もキレイですし、登場キャラクターの心理戦など深くて見ごたえありますよ。１，２，３，５，６、７は確実にクリア出来ています。

ほかには「新世紀ＧＰＸサイバーフォーミュラ」と言う作品もオススメです。未来のサーキットものですがサーキット系の知識がなくても全く問題ありません。始めＴＶアニメでやっていてその後続編がたくさん出ています。ＴＶ版の絵はさすがにちょっと古いのですがＯＶＡの方はだんだんとキレイになっていきます。

私も同じ様な条件の作品大好きなので(笑)この２作品は自身を持ってオススメしますよ～！！

リンク張り忘れたので２重投稿になってしまいました。すみません。「サイバー」の方はキャラデザがいのまたむつみさんなので小片を検索するといのまたさんがデザインしたカバーの絵が出てきますがアニメの方も綺麗ですよ～！！

参考URL：http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/B00005E …　　　　　

「無限のリヴァイアス」は凄くオススメですよ！！続編はないのですがファンディスクやドラマＣＤが出ています。

絵もキレイですし、登場キャラクターの心理戦など深くて見ごたえありますよ。１，２，３，５，６、７は確実にクリア出来ています。

ほかには「新世紀ＧＰＸサイバーフォーミュラ」と言う作品もオススメです。未来のサーキットものですがサーキット系の知識がなくても全く問題ありません。始めＴＶアニメでやっていてその後続編がたくさん出ています。ＴＶ版の絵はさすがにちょっと古いのですがＯＶＡの方はだんだんとキレイになっていきます。

私も同じ様な条件の作品大好きなので(笑)この２作品は自身を持ってオススメしますよ～！！

とりあえず上位四つまでですが

星界の紋章シリーズ

はおすすめです。
他は１と４が抜けて７に微妙にひっかかりますが５がクリアになったと思いますが

デュアル～ぱられルンルン物語～

南海奇皇・ネオランガ

も面白くおすすめです。

あまり長くはありませんが、COWBOY BEBOPなんかどうでしょう？

1998年制作のSFアニメです。DVDレンタルになってしまいますが、お勧めします。

条件2、3、4、5、7はクリアしていると思います。6は微妙ですが…。

参考URL：http://www.b-ch.com/contents/cowboy/

わたしなら

LAST EXILE

でしょうか……

２、絵が最近のものです。
７、狙われているのはヒロインではなくて、違う子どもです（笑）
４、知能戦かどうかはわかりませんが、複雑な空中戦です。
３、当然、戦争中です。
１、終わりました。（×）
６、主人公が一時的にいなくなる……ふつう、それだと物語が成り立たないから、あまりそういうのはないのでは……？　主人公が複数いないと……。この作品中、シルヴァーナから離れて行方不明になるという意味では、主人公に限らず、副官さんとか、船長さんとか、次々といなくなります。
５、アニメのオリジナルです。

参考URL：http://www.jvcmusic.co.jp/m-serve/last-exile/

ガンダムシリーズは…どうなんでしょうか？

さすがに初代は古臭い（一番好きなシリーズですが）けど、W、X、G、∀やOVAなんかは割と新しめですし…

「ヴァンドレッド」はどうでしょう？

絵はとてもきれいです。
謎は多いが知能戦と呼べるほどのものはあったかなあ。
若干ラブコメもあったり。

続編も「ヴァンドレッド The Second Stage」としてあります。

参考URL：http://www.b-ch.com/contents/vandread/

「無限のリヴァイアス」はどうでしょうか？

人間関係が中心ですが知能戦もあると思います。
私は一度見たら目が離せなくなてしまいました（笑）
原作はアニメだったと思います。

間違っていたら、すみません。