質問：広告が・・・

まず，どのようにおかしいのか，これが書かれていないと適切な回答が出来ません。

また，ホームページビルダーのバージョンも書いて欲しいところです。

と言うことで，こちらで勝手に想像して回答します。
まず，たぶん，この手の質問の場合に使用しているのは，ホームページビルダーＶ６以上であることが多いので，もしかしたら，「どこでも配置モード」でページを作成していると思います。
この「どこでも配置モード」の場合，絶対値を使って表示をしますので頭の部分に広告が入ってしまうサイトでは，広告と作成したものが重なってしまいます。
これの対処方法は，まず，広告スペース分をページ上部にとるか，または，「標準モード」でページを作成すれば解決出来ます。
たぶん，こんなにところではないでしょうか。