新幹線回数券での乗り越しについて

回数券は、特急部分だけでなく運賃部分も割引適用されていますので、運賃差額という考え方はできないはずです。

従い、東京-新横浜間の　正規の特急料金と運賃を別途請求されると思います。

補足
1）三島-新横浜はおそらく、新横浜だけでなく横浜市内だと思います。新幹線を降りて、東海道線に乗ると、川崎まで同額でいけますから、東京までは　川崎-東京間の運賃請求（280円）になるはずです。しかし、新幹線ままで乗り越すと、
新横浜で下車し、再乗車して東京へ来たという扱いで、
運賃も新横浜-東京間を請求されると思います。

2）三島-東京間と三島-新横浜間の運賃差額より、新横浜-東京間の運賃方が安くなります。これは、大都市内での特別割引（特定都市間割引）が適用されるからです。

この場合、新横浜～東京の正規の運賃と新幹線自由席特急料金が必要になります。

余談ですが、学生の頃、静岡～横浜市内の新幹線自由席回数券のバラを金券ショップで購入し、八王子まで乗り越した経験を何回もしましたが、自動精算機に新幹線自由席回数券を入れると、長津田～八王子の運賃が請求されました。

正規で買うよりかなり安かったので、助かりました。
今となってはいい思い出です。

回数券は割引率がおおきいので乗り越し運賃は適用されません。

乗車券・特急券とも新規購入と同じです。
新幹線に限らずすべての回数券に適用されます。

そうですね。

追加分として通常料金の東京-新横浜間の新幹線代を払わなければいけません。

＞新横浜から東京までの運賃と特急料金をそっくり支払うのでしょうか。

こっちです。