契約違反？宿泊しない場合は・・・

代理店とホテルとの取り決めについてご説明します。

ホテルを予約した場合には代理店で支払った宿泊代金が即、ホテルに支払われる訳ではありません。
チェックインの際に客から受け取ったクーポンを後日に発売した代理店に送って精算する仕組みになっています。
ですから、予約したのに泊らないというケースでは
ホテルは来ない客のために部屋を空けておかねばならず、その分の部屋代もクーポンが無ければ代理店に請求することも出来ず、ふんだりけったりになってしまいます。
事前にホテルに連絡した場合はどのような扱いになるのかはわかりませんが、肝心のクーポンがホテルに渡らないわけですから結果的にホテルに迷惑を掛けてしまうかもしれません。
ですから、後日でもクーポンはホテルに郵送するか代理店に返却したほうがよいかと思います。

代理店で「帰りの航空券が使用不可に」といわれたのは
「そのような使い方は困ります」というのを強く言いたいがために
そういった表現をされたのではないかと思います。

旅行会社に勤務している者です。

エアー＆ホテルのパックは大変安い為、お客様からは「このホテルに泊まらなくてもいいんですよね？」という質問はたくさん受けます。
その度に私たちは「これはセットなのでそういう使い方はできません」とお断りをしています。
しかし本当は全く問題ありません。実際、自分たちは旅程に入っているホテルには早めに断りの電話を入れ、別手配の旅館や知人の家に泊まっています。（他の方も書かれていますが、必ず不泊の旨はホテルへ連絡してください）
ホテルとしてはツアーのお客様は泊まらないのにその分の金額はきちんと旅行会社からもらえますし、早めに連絡がくればその部屋を別のお客様に売ることもできて、２重にお金が入るわけです。
でもセットで売るからこそ安くできているので「できます」とは言えないのです。そう言ってしまうと、もう普通の航空券買う人いなくなりますから。
航空券は往復とも先に渡されますし、あとはホテルに出すツアークーポンが付いていると思います。
泊まらなくてもそのツアークーポンをホテルに届けると、一番親切でしょうね。（ホテルと旅行会社間の精算に使うので）
ちなみにホテルと旅行会社の間での販売手数料ですが、宿泊代金のうちの10％ほど旅行会社に入るだけです。ツアーだともっと安いかもしれません。

私も往復航空券よりパック商品が安いので良く利用しています。

帰りの航空券も先に渡されますので、不泊でも全く問題ないです。ただホテルには宿泊予定日に電話で泊まりませんと必ず連絡は入れてます。旅行代理店には連絡不要です。

契約という言葉からコメントします。

契約という約束で決めたお互いの義務は
・cxyossyさんは代金を支払う
・旅行会社は航空券の手配、および宿泊するホテルの手配を行う
ということです。

契約書（申込書）に特別な条文が無い限り、cxyossyさんは義務である代金の支払いを行うのですから、なんら問題はありません。
お金を払っているのですから、空き部屋になったところでホテルも旅行会社も損失はありません。

ですが、帰りのチケットはもうお手元にありますか？
宿泊予定のホテルで配布することになっていると、もらい損ねるかもしれませんね。
申込書などに宿泊しない場合についてや、チケットの配布について何か記載されていないか確認して下さい。

また、泊まる予定の人が来なければ、ホテルも旅行会社も心配するでしょうから、一報入れておくぐらいのことはしてあげてもいいかもしれませんね。

もしかすると、宿泊先で使ったお金の一部が旅行代理店か担当者にバックされているのかもしれませんね。
だから予定のホテルをなんとしても使わせたいとか・・・。（想像ですが）
よく、バスツアーなどで立ち寄るお土産やなどでは、そのようなことがあるそうですよ。

ご参考になれば幸いです。

　私も、宿泊券を使わなかったことありますが、特別問題はありませんでした。

そもそも、宿泊料金は払っているのだから、当日キャンセルして100％の違約金を払ったとして、要するに宿代の払い戻しを受ける訳じゃないし・・・
　ホテル側から見れば、無断でキャンセルされると、事故に巻き込まれたのではないかと無用な心配をします。また満室で他の客を断っていたのが、いれられるとなればメリットも大きいはずなので、一応、断りの電話は入れるようにしています。