他社線に跨って乗越した際の精算金の行方

>>「（ドンブリ勘定で）相殺でいきましょう」

基本的にはそうです。意外ですが(笑)


パスカードや自動精算機で収受した場合は、きちんと計算されるので分配できます。
JRの場合でお答えしますと、
改札口で駅員による収受の場合、「計算する期間」というのが年に１回（１週間ぐらいかな）ありまして、
他社がらみのきっぷを精算した場合、そのきっぷと精算金額を帳簿に付けて、乗車券管理センターに送ります。

管理センターでその帳簿に基づき各社の精算金額の概算を出します。
そしてお互いの会社が出してきた金額を基に、大体の精算金額を出し、プラスマイナス調整するのです。

＞お互い様という観点から両社の間では「（ドンブリ勘定で）相殺でいきましょう

いくら江戸っ子でも、そこまで大らかにはなれないでしょう（笑）。

想像ですが、ちゃんと各社に配分していると思います。

パスネットカードという、私鉄各社共通に使えるプリペイドカードがありますよね。
あれも、実際に乗車した路線・運賃に応じて、カードの売り上げ金が各社に配分されていると思います。

乗車券で乗り越す場合も、それと同じではないでしょうか。
自動清算機が設置してあれば、パスネットと同じようにコンピューター処理されるでしょう。また、窓口で駅員が清算するときでも、何らかの形で、コンピューターを通していると思います。

地下鉄の場合ですが、営団線と都営線を乗り継ぐときに、割引運賃が適用されるところがありますね。
そういう場合、各社への売り上げの配分も複雑になるので、手作業では難しそうです。やはりコンピューターを使っていると思います。