Windows2000が起動しない！

Windows2000が起動しなくなってしまいました。
具体的な症状を言うと、
まず、うちのパソコンはWin98と2000のデュアルブートなので、
OS選択メニュー(BootMagic2と言うソフト)がでてきて、そこでWin2000を選択し、
Enterキーを押して起動させようとすると、次のメッセージが出てきて、
「次のファイルが存在しないかまたは壊れているため、Windows2000を起動できま
　せん。<windows2000root>\system32\ntoskrnl.exe .
上記のファイルをインストールし直してください。」
起動しなくなってしまうんです。
パーティションをPartitionMagic4というソフトで、
何も入っていない2GBの基本パーティションを削除して、
そこに論理パーティションを作っただけで、OSとは直接関係ないところをいじっていただけなのに、こんなふうになってしまいました・・・

じつは、前にOS選択メニューの設定を変えてみたら
同じメッセージが出てきて、いろいろいじくっているうちに直ってしまい(？)
どうやって直したかは覚えてないんです。
でも、そのときにはntoskrnl.exeは入れ替えてないんですが。
そのときは、「直ったので、まあ良いか。」と思っていたのですが・・・
今回はいじくっていても直ってくれないようです。

バックアップも最近取っていないので、再インストールは避けたいんです。
バックアップ取らなきゃな・・・と思っていた矢先のことでした・・・

再インストールしなきゃイケナイ場合は、きっぱり
「再インストールしなさい！」と発言しちゃって良いですので、なるべく早くの解答をお願いします。
手間は少々かかっても直れば良いです。

みなさんご解答よろしくお願いします。