日本で一番、宿泊料金の高いホテルってどこでしょうか？

最上位の部屋の料金は公表していないところもありますし、そのような部屋だと自分で料金を払うというよりも、招聘する側が支払ってホテルがその企業や団体に請求することが多いので、その料金で請求するよりじっさいにはなんらかの値引きが行われ、正規の客室料金で請求されることはむしろまれだと思います。

パークハイアットの100平米のパークスイートが161,000円、マンダリンオリエンタルのスイートが105,000円～189,000円なので
このへんがだいたい基準でしょうね。
マンダリンオリエンタルの250平米のプレジデンシャルスイートは840,000円

http://www.parkhyatttokyo.com/
http://www.mandarinoriental.co.jp/hotel/59200022 …

フォーシーズンズホテル椿山荘インペリアルスイート
577,500円
http://www.fourseasons-tokyo.com/guestroom/room/ …

キャピトル東急ホテル
プレジデンシャルスイート・ インペリアルスイート
208平米で\438,900
http://www.capitoltokyu.com/room/index.shtml
ビートルズやマイケルジャクソンが泊まったホテルです（ビートルズ来日時の名称は東京ヒルトンホテル）。
両側にそれぞれバストイレがあるベッドルームがあって、真ん中の部屋ではミーティングや立席パーティ、レセプションにも対応できるので割安です。

帝国ホテル
インペリアルフロアのスイートは94,500円～1,050,000円となっています。

参考URL：http://www.imperialhotel.co.jp/cgi-bin/imperial_ …

公表しているもので高いところはパークハイアットでしょうか。

１泊６３万円の部屋があります。
おそらくは情報が流れていなくてこういうサイトを見ていない人が泊まる口コミの部屋があるので確信はないです。

参考URL：http://www.parkhyatttokyo.com/Data/datasheet.html

通常料金：180,642円じゃらん料金：110,000円～ お部屋は銀座スイート、キングベッド（ダブル）114平米 ※　上記料金は2名様1室料金（...

参考URL：http://www6.jalan.net/jup/JUP0305.do?yad_no=3225 …