ろ過の順番について

基本は次の順にし、濾材の材質や量を目的や魚に適した水質に合わせて調整します。

１．ゴミや排泄物を取り除くための物理ろ過フィルタ
２．ろ過バクテリアの棲み家となる生物ろ過フィルタ
３．臭い等を取り除くための吸着ろ過フィルタ
４．活性炭の欠片等の微細なゴミが水槽内に入らないようにするための細目の物理ろ過フィルタ

ろ材の組み合わせ例
http://www.eheim.jp/filterpad_set.html

例えば、金魚を飼う水槽の上部フィルタの場合でしたら、
１．粗目のフィルタ（物理ろ過）
２．ウールマット（主に物理ろ過、一部は生物ろ過）
３．リング状やビーズ状のフィルタ（主に好気性バクテリアによる生物ろ過）
４．麦飯石やセラミック材等のフィルタ（主に嫌気性バクテリアによる生物ろ過）
５．活性炭（吸着ろ過）
６．ウールマット（物理ろ過）
としたいところですが、上部フィルタは高さ（深さ）が限られているので、高さが足らないときは、１あるいは６を省略、３か４だけにする、３と４を左右で半分ずつにする、などしても構いません。
２のウールマットは時々軽く洗いますが、２枚重ねにし、汚れてきたら上の１枚だけを交換して、下の１枚を上に・新品を下にするというサイクルにすると良いでしょう。

水槽のフィルタとして使っている人は少ないと思いますが、物理フィルタとして「リードクッキングペーパー」が安くて高性能です。

リードクッキングペーパー
http://www.lion.co.jp/ja/seihin/brand/041/01.htm

フィルタが目詰まりしてくると上部フィルタ内の仕切り板の上から水が溢れて水槽に流れてしまうことがありますので、定期的にメンテナンスして下さい。

参考URL
フィルタ比較実験
http://www.eheim.jp/filter_instraction.html

参考URL：http://www.eheim.jp/filter_instraction.html

吸着ろ過がイオン交換樹脂なら、生物ろ過が先です。