Windowsで自宅サーバー

NTFSかどうかって事じゃなくて

CGIを動かすために、いわゆるパーミッション変更のようなものは必要有りません
　(attrib属性と言うものは有りますが初期状態でunixで言う7になっています
　fileのプロパティで読み取り専用にしてもperlスクリプトなどは動きます
　但しCGIから書き込むfileはわざわざ読み取り専用にすると書き込めません)
　ですがApacheで言うOptionsの設定は有ります
　(Apache For WIN32は勿論ですが IISでも似たような設定があります)
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=2110495
http://oshiete1.goo.ne.jp/kotaeru.php3?q=2051602
例えばperlでcgiの実行をするには
・アクセス権(パーミッションではない)
　Apache＝Options ExecCGI(httpd.confまたは有効な.htaccess)
　IIS＝実行アクセス権(インターネットサービスマネージャで設定)

・拡張子.cgiをCGIとして有効にする
　Apache=AddHandler で設定
IIS＝スクリプトマッピング

・ .cgiファイルをperlで実行させる
　Apache＝shebang
　IIS＝スクリプトマッピング
となります。

>またLinuxならサーバー目的で
最初からサーバー目的ならCentOSでしょうね
何故ならRedhatエンタープライズLinuxの無料版ですから生まれも育ちもサーバー用途ですから
、、、、と言いながら、オイラは自宅サーバーにはとっつきやすいVine3.2を
デスクトップ＆実験用(いや化学実験とかではなくていろいろいじってぶっ壊れても構わないと言う用途（＾＾；)
にはFedoraCore5を使っています

Windowsの何ですか?

Win2000とかXPならパーミッションの設定はできます．できないようならファイルシステムがFAT32なのかもしれません．その場合は，NTFSに変換した方が良いでしょう．

　Windowsでもフォルダの属性が設定できませんでしたか？

　Ｌｉｎｕｘですと、ＲｅｄＨａｔやＴｕｒｂｏＬｉｎｕｘが有名でしょうかね。
　ＴｕｒｂｏＬｉｎｕｘはＳｅｒｖｅｒ版が以前ありましたので検索してみて下さい。もしかするとＦＵＪＩ対応で無くなっているかもしれませんが、、

>OSがWindowsの時パーミッションの設定ができませんがこれは設定しなくても

>CGIは動作すると言うことでしょうか?

サーバに使おうとしているソフトは何ですか？
Apache？IIS？

両方ともパーミションの設定できたと思いますが。

で、サーバ目的なら個人的にはSolarisがお勧めです。
（Linuxじゃないけど）