サイトの版権、所有権。

　補足欄のコメントから推測する限り、依頼者が外部にＨＰの大半の作成を委託し、その際に「作成したＨＰの著作権を譲渡する」旨が入った契約書を交わしていない、とのことですから、著作権は著作者に帰属したままです（著作権法第１５条、この場合、特に第１項：法人著作となる要件をご参照下さい）。

　また、著作権を譲渡していないのですから、同法第１８条第２項第１号における「著作権を譲渡した場合、著作者は、譲受人が公衆に著作物を提供または提示することに同意したと推定する」旨の規定も働きません。料金を支払ったか支払っていないかは関係ありません。つまり、公表権も著作者に帰属しています。
　キチンとした契約書を交わしていれば、第２３条でいう「公衆送信権（送信可能化権を含む）」を譲渡しているはずですから、「依頼者が公開するつもりのない」ＨＰを勝手にアップロードすることはできませんが。

　ついでに言うと、著作権を譲渡しても、文化庁に登録しない限りは第三者に対向できません（同法第７７条）。

　商標に関しては、商標法と不正競争防止法に「どのような行為が商標権の侵害や不正行為となるか」が明記されており（例えば、商標法第３７条、不正競争防止法第２条）、これに該当しなければ「法律で禁じられた行為」には当たりません。簡単に言えば、「他人の商品と同一または類似する名前を自分の商品名として、それを購入する者に、両者の出所は同じなんだと認識させたり、両者には何らかの資本関係があるんだと混同させてしまう行為」です。他にもいろいろありますが、代表的なものはこれです。

　したがって、ＨＰ上で「ウォシュレットはＴＯＴＯの登録商標なんだから、他の便座メーカーはこの名前を使っちゃダメなんだよ」とか、「宅急便はヤマト運輸の登録商標なんだから、他の運送会社を使うときには宅急便とは言わず宅配便と言うように！　普通名詞になっちゃったら、ヤマト運輸にとって死活問題なんだから！！」と書き込む分にはなんら問題ありません。
　ただ、例えば、日記風のＨＰを公開するのであれば、
「ウチの娘はエレクトーン（※）を持っていて…（以下略）。　※「エレクトーン」は、ヤマハ楽器社の登録商標です。」
　ぐらいに書いておくのが商標権者に対しては親切でしょう。

　ついでに。
　著作者人格権の１つである「氏名表示権」については、「著作者は、その著作物の原作品に、又はその著作物の公衆への提供若しくは提示に際し、その実名若しくは変名を著作者名として表示し、又は著作者名を表示しないこととする権利を有する。」（著作権法第１９条第１項１文）と規定されています。


　以上は、法的観点から。

　以下、感想。
　個人的には、外部に依頼するのに契約書も交わさない依頼者の姿勢も「？」ですし、
　いくら契約書を交わしていないとは言え、依頼者に無断で自分のＨＰにリンクをはるというのも「？」です。一言断るのがマナーなのでは？
　それに、ＨＰ作成を生業としていらっしゃるのであれば、著作権にはもっと敏感になって頂きたいと思います。

どうも皆さん（deagleさんを除いて）勘違いなさっているように思うのですが、

今回の場合、著作権は739さんに発生します。で、普通は契約で複製権等の「著作財産権」を
会社に譲り渡したりするわけですが、その場合でも、著作者が739さんであるという事実は
消えるものではありませんし、そのことに伴う権利（著作人格権と言います）は739さんに
留保されています。例えば「著作者は私だよ」と公表する権利などです。この権利は本質的に
譲り渡すことができませんので、一般の契約ではこれを行使しないという合意を盛り込んだり
します。

ですから、特に契約がない以上、739さんが「私が作りました」と名乗ることを会社が止める
ことはできないはずです。問題は、リンクをはることで、その内容が公表されてしまうことです。

少し違う例ですが、例えばＡさんがＢ写真館に行って写真を撮影してもらった場合、著作権は
Ｂ写真館のものです。しかし、だからといってＢ写真館がＡさんに断りもなくＡさんの写真を
ばらまいたりしたらＡさんは困りますよね。この場合、Ａさんは肖像権を主張することで、
Ｂ写真館に勝手に自分の写真を他人に渡すのを防ぐことができます。

今回の権は、肖像権ではありませんが、やはり作成されたWebページが公表されたことで、会社が
権利を侵害されたと感じたのだと思います。そこで商標権云々ということを言ってきたのでしょう。
今後のやり方についてはnoribou11さんの仰るやり方が合理的なように思われます。

　そういえば、以前、私は日産のブルーバードに乗っていましたが、そんなことを何かの文章に書いていると、自然と社名や商標を使ってしまいますよね。

つまり、自分の文章の中にそのような社名や商標を入れること自体は、何ら問題ないのです。
　ただし、適当な物体の上にそういうことを書くと、その物体の名前が「ブルーバード」であり、制作者が「日産」だと表示しているとも言えるわけで、これは問題になります。「許可なしに使用する」というのはこういう事態を想定してのことです。
　個人のホームページは文章と同じようなものですから、そこに「○○社のホームページを作成した」と書くことは（契約などのしばりがあるのでなければ）何ら問題ではありません。
　納品したホームページと同じものを（複製して）自分のホームページの一部として設置することはできません。
　納品したホームページに対するリンクが貼れるかというのは、微妙な問題です。
　相手が公開していれば、何ら問題ありません。公開していなくとも、相手が WWW 用のサーバーに載せた時点で、無関係の第三者がたまたま見ることはいくらでもあり得ることですので、あなたのホームページからそこに無断でリンクを貼ることがただちに「違法行為」だということもいえません。社内向けならば、載せる側が社外から見えないように対策を講じるべきことです。何も対策がとられていない場合は、そこにリンクを貼ることは問題ないと思います。
　「リンクに許可はいらない」という主張の URL を載せておきます。

参考URL：http://www.lbm.go.jp/lnkplcy.html

制作経歴に社名を掲載してもなんら商法に違反するものではありません。

外資系に転職する場合、履歴書には過去の業務実績を添付することが多く
デザイン関係でありば「○○商事の××をデザインした」というように
はっきりと、どこでなにをしたかをまとめる必要があります。

この問題はその経歴欄に参考としてリンク先を指定したところに問題が
あるのではないでしょうか。先方はそれを断る理由に著作権云々を持ち出したと
考えられます。ようは許可なしにリンクを貼らないでほしいということだと
思いますよ。公開するつもりがなく自社従業員専用というHPであれば先方の
言い分も理解できますしね。したがって、リンクを貼らずに制作経歴には
「○○社のHP制作を受託」とだけ記入すればよいのではないでしょうか。

今回の問題は、著作権の問題とは違う話だろうと思います。

個人ページにそのページの内容を掲載したのならともかく、いつ何をしました、ということだけを載せているのなら、著作権が及ぶものではありません。
所有権というのも、よくわかりません。
ページを構成するファイルが置かれているハードディスクのように形のあるものに対しては所有権が発生しますが、ホームページのように形の無いものには所有権は発生しません。
それから、商標はまだしも、ページに社名を掲載しただけで法律で罰せられるはずがありません。同名の会社を作ってどうこう、というのならともかく。

仮にその会社に何か主張できる根拠があるとすると、あなたと結んだ製作契約しかありません。
契約上、製作に関する守秘義務であるとか、製作経歴を載せてはいけない、といったことを書いてあれば、あなたには契約違反の責任が生ずることになります。
契約内容を御確認ください。

なお、委託の場合の著作権の帰属については、下で書かれているとおりですが、法律が直接適用されるとなると最終的には裁判所の判断を待つことになってしまいますので、契約であらかじめ明確にしておくべきでしょう。

商標やその他工業所有権関係の問題もあるかもしれませんが、この点については詳しくありませんので、専門家の方にお任せします。

　ＨＰではありませんが、俺も派遣契約でプログラムを作っています。

　下記の方々も契約の方式による、と言われておりますが、通常は完全買取なのが一般的ですので、厳密には駄目ってことになるんです。

　ただし、その会社がちょっと心が狭いってのもあるとは思うんですけどね(^_^;
　通常は、あまりそういうことはしない方が無難でしょう。トラブルを避ける意味で。

あなたがその会社の社員であるならば、確実に権利は会社のもになりますが、今回は受託して制作をしたということのようですから、ちょっと違ってきますね。

あなたが契約をどのようにしたのかわからないのですが、一般的に言うと以下の３通りに分かれます。

１．会社側に著作権が帰属する場合
依頼するにあたって、会社側がその作品のコンセプト及び作品のスケッチを十分に行い、、その作品を実質的に完成し、あなたがただ、色づけなどすれば作品として完成するような形で依頼した場合。

２．依頼を受けた側に著作権が帰属する場合
あなたに会社がアイディアとニーズを伝えただけで、実質的な作品の表現の創作をあなたが単独で行った場合

３．両者に著作権が帰属
制作の依頼にあたっては、アイディアとニーズを示しただけだったが、その後の作業の中で、具体的な表現の指示があった場合には、著作権が両者にあるととらえる。

もし、共有著作権となった場合には、その行使には著作権者全員の同意が必要ですが（著６５条２項）、共有者は正当な理由が無いかぎり、同意を拒むことができません（著６５条３項）

今後の業務請負の場合には、事前にこういった点をクリアーにする必要があるでしょう。

著作権情報センターでは、相談も受け付けますから
一度サイトを覗いてみてください！
http://www.cric.or.jp/

参考URL：http://www.cric.or.jp/

法律の知識は有りませんが、実務の経験上から・・・

私はよくそういったＨＰやパンフレットを依頼する立場なんですが、当初の契約の結び方によると思います。
例えばパンフレットに掲載した写真や図柄をＨＰに使いたい、と言ったときに、ＯＫする業者、しない業者はそれぞれ有ります。たいてい、契約書に版権がどちらに帰属するものかが書いてあり、それに従う形になります。

契約書にそういった記載が無い場合・・・
法的にはどうなんでしょうね？
その辺は専門家のご意見をお願いします。

個人的には、基本的には制作費を払って作ってもらう以上、買い取りという考え方になるのではないかと考えます。　ＨＰやパンフレットの版権が制作者にあるとして、例えば転用する際に費用が発生するとすれば、逆にその会社の製品や社屋の写真などの使用料を制作者側に請求してもおかしくないような気がしますがいかがでしょうか？