Win2000のアンインストールについて

現在、Ｃドライブ（FAT32）にＷｉｎＭｅ、Ｄドライブ（FAT32）にＷｉｎ２０００がインストールされています。
ＤドライブにはＯＳのみで、他のアプリケーションは一切入っていません。

Ｗｉｎ２０００のアンインストールのやり方としていろいろ調査したところ、
起動ディスクで起動して、コマンドプロンプトから、「A:\SYS C:」を実行してて．．．等の方法があるとわかりました。

そこでふと思ったことなのですが、
マイコンピュータのＤドライブのショートカットメニューにある「フォーマット」とでは何が違ってくるのでしょうか？

同様に、ＮＴＦＳへの変換も、Convertコマンドでなくても、
［フォーマット］の［ファイルシステム］で［ＮＴＦＳ］を選択すればいいのでは？と単純に思ってしまうのですが、
一体何が違うんでしょう？

コマンドでやった方が間違いないのは予想できますが、違いがわかればスッキリできるので、
お暇なときに教えて下さい。よろしくお願いします。