議事録、内部経理監査について（これって犯罪？）

すばやい回答ありがとうございます。
単刀直入な結論で非常にわかりやすい上、体験談ということで、深く考えさせられます。
＃3にある定款の件、もう一度確かめた上、判断したいと思います。

同じことの繰り返しになるということは結局それが一番の答えということではないかと考えます。つまり今回のケースはまずいことで、早急に理事等が集まる場を確保する必要がある。そして私は勉強しなくてはいけないと。

こんなに回答がいっぱい来るとは思わず、こちらの返答が遅くなってしまい、申し訳ありません。
もう一度、いやあと二、三度ほど読み返し、勉強して、自分の身の振り方を考えようと思います。
皆様難しいテーマを答えてくださりありがとうございました。この場を借りてお礼申し上げます。

プロの方々でも難しいテーマは社会人二年目の私には荷が勝ちすぎるのでしょうか。言われる内容について少しずつでもわかっていきたいと思います。

昼食会…

最後の一文、考えさせられます。
確かに、理念ある福祉サービスを提供していて、「利用者のためにどうしてもこの行政手続はできない」といったことであれば、私も場合によっては納得できますが、うちの場合、正々堂々とした運営とは程遠いかな。
出来る範囲のことまで頑張ってみたいと思います

問題点である、理事会と議事録の件、監査報告書の件、その二つの根拠が他の人からも示されて問題点がきちんと認識できたと思います。
代理署名に関する考え方も＃10の回答と合わせて読み、参考になりました。
会議の開催からですか。。。提案できるだけの度胸がほしいのですが…
お礼の投稿のたびに仕事への愚痴になっているようですみません。

自分の勉強不足は仰られるとおり恥ずかしい限りです。社会福祉事業は補助金等他の民間とは違った優遇措置を受けているのだし、それだけ透明性の高い、公共性の高い業務を行うべきだと思います。
そういういわゆる「正しい」施設運営のための理事会、評議員会、さらに内部監査だとは思うのですが、それをすべて理事長指導の下、事務局がやったのでは自浄機能など期待できません。
改正の件は情報ありがとうございます。一応県からも文書は来ていたのですが、まとまっていてわかりやすいです。

代理署名はどの理事の署名はどの職員担当、とまできちんと決まっていて、印鑑についてはそのような内規はなかったと思いますが、確認してみます。
監査については監査人が実際に監査してないので、上記とは違いますよね。
理事会、評議員会を開いていないことが一番の問題ですか。そのような提案を出来る立場であればいいのですが、うちの法人は親族経営で、理事長＝施設長、各サービス提供責任者、事務長＝理事長の妻、理事の一人＝理事長の子ども（市会議員、保育園園長）となっており、この三人で経営に関することは決めています。
議論するのはまだまだ無理ですが、皆様の言われている内容が理解できる程度には勉強したいと思います。

かつての認可時代を知らないのですが、民間ならではの特色ある福祉のポリシーをうちの理事長（施設長他、各事業所の責任者も兼務）からは感じることは出来ません。
事務長（理事長の妻）も事務処理等のミスの際は、「監査のときに指摘されたらどうするの」と監査で注意されることだけに躍起になっていて、監査のための仕事なのか、利用者のための仕事なのか疑問を抱きます。もちろん、ミスをする自分も悪いのです。
職員が快適に働ける環境を作り、それが利用者への良質なサービス提供につながればと事務に異動したのですが…
回答の内容が難しかったため、返答が的外れになっているかもしれませんがご容赦を。

回答ありがとうございます。
定款に関しては仰られるとおりで、定款準則にのっとった形で作成されています。監査にしろ、理事会にしろ定款どおり回数だけはきちんとこなしてありますが、その中身は実体のないものです。
今年の一月に定款変更を行ったので、議事録は提出してあります。
参考URLを見て勉強し、今後の自分の立場を考えて生きたいと思います。