Temporary Internet FilesにあるすべてのCookieをjavascriptで削除

> 自分のＰＣのCookieを定期的に自動削除したい

それなら簡単に可能ですよ。
下２つにも書いたようにWSHを使えば可能です。もちろんjavascript（正しくはJScript）で書くことも可能です（ただしWSHの場合はVB・VBSのほうが何かと便利）。

Temporary Internet Filesを特定するには、shellオブジェクトを作っておいて
Namespace(TEMPORARY_INTERNET_FILES)
で取得できます。
あとは、cookieを判別、もしくはすべてのファイルなら
DeleteFile(Path)
で消すだけ。

これをウィンドウズのスタートアップなどに入れておくと便利かもしれませんね。

> ではこれを実現できる言語はほかにありますか?

言語の問題ではありません。
下にも書きましたがWSHなどからjavascriptで削除するのは可能であっても、Webページが勝手に閲覧者のファイルを好きに削除できてしまっては、怖くてしょうがないでしょう…。
ファイルで唯一アクセスが許されているのが、そのサイトに関連付けられたcookieです。
また、極端な話、ActiveXやプラグインなどをインストールさせてファイルにアクセスする方法は考えられますが、それは不正プログラムである可能性があります。

javascriptというのはWebページに埋め込まれたjavascriptという意味ですか？

もしそうなら、セキュリティ上、そんなことが出来てしまっては大変なことになるかと…。
WSHを使ったjavascript（JScript）ならできるでしょうけど。