ＪＲ団体予約の仕組みを教えてください

　詳しい書き込み、ありがとうございます！　大変参考になりました。返事が遅くなり、申し訳ありません。おかげさまで、教えていただいた情報をもとに近隣学校と情報交換をしたり、旅行会社さんにも具体的に質問出来ました。
　まず、旅行会社さんに事前枠がないこと、ＪＲは学校が予約するものであることは、恥ずかしながら初めて知りました。「手配は旅行会社さんの力量次第？」という仮定を持っていたもので、「予定日を確保できる旅行会社さんにお願いしたい」となったわけですが、そうはいかないのですね。(^^;)ゞ
　我が校でお願いしているのは、大手でよく顔を出してくださる旅行会社さんなので、信頼度では合格点だと思います。他の大手に頼んだ学校の様子も聞きましたが、結果は似たり寄ったりでした。交通機関の手配はどこの学校でも期限前にしているはずですが、「時間が変わった」「日程が変わった」「船が取れなくて列車になった」等聞こえてきました。
　実はこちらは地方都市で、本州から北海道への旅行なんです。都会とは違って列車の本数に限りがあるし、特定時期に集中するため、混み合っているのは間違いないと思います。ちょうど旅行会社さんがいらしたのでお聞きしたところ、どうもネックはＪＲ北海道らしいです。ＪＲ東日本分は手配できてもその先の座席数が少ないため、混む時期はＪＲ北海道からの返事がなかなか来ないようです。
　会社の選択方法も勉強になりました。宿等の内容がいいところ、生徒指導上頼りになるところ、事前学習が上手なところ等いろいろありますが、いざという時の体勢も考え大手の業者さんにお願いしていました。今回お話を伺い、専門力＆関係方面へのパイプという点で、改めて大手はさすがと思いました。情報をありがとうございました。

jmd11 様、いろいろ教えていただき、ありがとうございます。学校側として出来る対策があれば・・と思ったのですが、「信頼できる大手の旅行会社さんでも無理なら、どうしようもないのだな」と納得出来ました。「旅行会社を替えればどうにかなるかも」と思っている人はまだまだ多いので、ここでいただいた知識を広めたいと思います。信頼出来る旅行会社さんの選定、早めの書類提出、程良い催促、強運を祈願、で頑張りたいと思います。ご協力ありがとうございました！

goodpro様、情報をありがとうございました。お返事が遅くなって申し訳ありません。
１学年の人数はそう多くもないので、「人数が少ない場合は時刻表上の定期列車・臨時列車を利用する形」に当てはまると思います。
　手続きについてですが、情報収集したところ小学校の場合は特になく、９ヶ月以上前に旅行会社と契約するだけのようです。中学校・高校の場合は、ＪＲから提示される列車（期間限定・時間限定の便－普通・臨時・専用列車有）の中から選んで１年月半前に届けることにより、特急料金も割引されるシステムのようです。
　いろいろ資料を読ませていただき、参考になりました。これからは旅行会社さんの説明が以前よりは理解出来そうです。ありがとうございました。

travelKENKENさん、ご回答ありがとうございます。お返事が大変遅くなり、申し訳ございません。
　修学旅行専用列車については、以前は専用列車に乗ったこともあるようですが、最近は聞かないです。少子化やＪＲ改変の影響でしょうか。修学旅行委員会というのも、この辺では聞いたことがありませんでした。情報収集したところ小中高とも無いようで、人数調整は旅行業者とＪＲでやってくださっているのだと思います。列車が混み合うとはいっても、日にちをずらせば何とかなる位の規模なのでしょうね、この辺は。地区によって色々事情が違うものだと分かりました。ありがとうございます。