Win2000起動時にチェックディスクが頻発

Windows 起動時に毎回エラーが表示される場合の一般的な対処法です。

Windows は起動毎にレジストリの Run や RunService、win.ini の run や load、スタートアップフォルダに登録されたプログラムを自動起動します。自動起動を設定されたプログラムの不具合で、Windows を起動するたびにエラーが発生することがあるので、次の手順で問題のプログラムを特定してください。

[スタート]－[ファイル名を指定して実行] から msconfig を起動します。
[スタートアップ] タブをクリックし、上半分の行のチェックを解除して「OK」をクリックします。
Windows を再起動します。
問題が解消した場合、上半分のいずれかの行が問題なので、2. で解除したチェックを半分戻して Windows を再起動します。
問題が続く場合、下半分のいずれかの行が問題なので、残ったチェックのさらに半分を解除して Windows を再起動します。
同様の手順を繰り返すと、数回の Windows 再起動で問題の行を特定できます。

HGSTのHDならディスクチェックツールが配布されていますよ。

ハードディスクを買った時は一度チェックすると事をお勧めします。

参考URL：http://www.hitachigst.com/hdd/support/download.htm

別パーティションにWindowsをセットアップして、

そちらを起動させてCHKDSKが走らなければハード的な問題の確率は低いでしょうね、

それとSP2との事ですがSP4導入はされないのですか？
システムファイルの問題だとSP4導入で解決できるかもしれないし、
HDD換装したとの事ですからBIOSをデフォルト設定に戻し、
必要に応じ再設定させてみるのは？

またWin2000標準ではMSCONFIGはありませんので、
「窓の手」か英語版ツールのMSCONGIG使うしかありません。

http://www.asahi-net.or.jp/~vr4m-ikw/

http://www.svrops.com/svrops/dwnldoth.htm

http://www2.whidbey.com/djdenham/Msconfig.htm