バイキンマンはどうしていじわるなんでしょうか？

>原作には本当に何もないのでしょうか？

　メタファーは理論だった目的を持ちません。
　もし仮にバイキンマンが世界征服の野望を抱いていたとしても、それはメタファーとしての役割を超えたところにあります。
　つまり、それは雰囲気作りのための追加的設定でしかありえません。
　これは、特撮ヒーローの怪人が、世界制服に関してなんら有用な行動を起こさないのと全く同じ理屈です。

　ドキンちゃんは確かに善悪を超えた存在ですね。
　バイキンマンをそそのかす役目を与えられており、いわば「悪のトリガーは必ずしも悪ではない」ことを示す、精神の成長を阻害する理論矛盾のメタファーです。
　むろん、ドキンちゃん本人は世界を欲しているのかもしれません。
　ですが彼女自身のその希望は、作者から与えられたテーマと合致しないかぎり、実行に移されることはありません。
　彼女が世界を欲するという設定があったとしても、それは単に雰囲気作りのために定められたものにすぎないからです。

　＃４の回答では納得が得られないことに気づいてしまったので、１つ追加を。

　メタファーの真の目的は、「読者の心を動かす」ことにあります。
　それは、作者が本当に訴えたい何かを読者に伝えるための効果的な「誘導灯」としての役割です。

　ゆえに、その誘導灯としての役割を担うのに最適だと作者に判断されたとき、「バイキンマンは宇宙から来た」という設定が新たに与えられることになるのです。
　少なくともそれまでは、バイキンマンは「ワケの分からないことを繰り返す小悪党」でなければいけません。
　なぜならば、子供に「悪」を教えるのにはその方がいい、という作者の判断があるからです。

ばい菌の存在理由とは何でしょうか。

少なくとも人間の視点から見て『ばい菌』は悪い事を意識的に行っている訳ではありません。『ばい菌』が生存する為に行う生命活動がそのまま人間等の生命を脅かす事になるのです。『ばい菌』を悪として規定するのは規定するのが人間だからでしょう。生きる為に自然破壊をする人間の行為もまた、『地球』が規定すれば悪になるのかもしれません。しかしながらこれらの多面性を幼児に説明しても理解はされないでしょう。相手にも『生きる』という目的が有り、それが自分達の同じ『生きる』という目的を脅かしている。自分達が正義なのではなく、生存競争でしかない現実を教えるのはもう少し成長してからで良いでしょう。何故ならば、正義では無いが『生命』は生きなければならないからです。この構造を、これから生きて、命を謳歌する子供に単純に伝える事は命と言う物を充分に理解させないまま、その意味に疑問符を投げかける事になるからです（ってな事も理解できないような子供が対象ですが）。自分達から見て根源的に存在が対立する『ばい菌』をモチーフとして作られた『バイキンマン』も悪事を働く本当の理由を敢えて語れば、「それが『バイキンマン』が生きる為に必要な事だから」ということになるでしょう。この有る意味とても哲学的な命題は子供には受け入れられません。また、目的を設定した場合、子供の目に悪い事と写る行為全てがその目的達成に繋がるわけではありませんし、目的達成の為には明らかに必要ない悪事を、アンパンマンが活躍する為に行わなければならないキャラクターの宿命を負っているバイキンマンの理屈を正当化することは出来ないでしょう。つまり、それが『ばい菌』である『バイキンマン』なのです。その目的や手段にはその存在をかけた深い理由が有るのですが、所詮価値基準が正反対の人間（子供）と、常に人間の味方であり、子供達の自己を投影する鏡としての『アンパンマン』には理解できない。つまり、その行動の根本理由は子供達に判りやすい形では存在しない。
……と思います。

……長々書いておきながら「思います」だって。
……すみません。

　アンパンマンは、絵本を読む年頃の子供向けに作られた漫画ですので、登場人物に人格設定はありません。

　あれを見る年頃の子供は（大きいお友達は別として）人格形成が未発達で、キャラクターに人格設定をすることが意味をなさないからです。

　そこに存在するのは、善とか悪とか、あるいは教訓といったメタファーだけであり、事実、人物の行動パターンはテーマごとに違います。

　バイキンマンは悪のメタファーなので、ある程度「強い」力を持っています。
　「弱い力でも、強い悪をくじく事は可能」という作者に与えられたテーマに順ずるためです。
　ゆえに、バイキンマンがどこで科学力を手に入れたかに関する設定は存在しません。

どうしてと言われても・・・どのマンガにもあるように、ただ単にバイキンマンが「悪役」の設定だからじゃないんですか？なぜバイキンマンかというと、一般にバイキンが悪玉だからです。