社長いらっしゃいますか？

#1です。

> ちょっと貴方様の真意分かりません。

あ、電話か何かだと勘違いしていました。気にしないでください。

私の認識では「社長」「部長」「先生」などはそれ自体が敬称で、その後に「さん」や「殿」などをつけるのはおかしいと思います（例えば鈴木社長という人であれば、メールの宛名としても私なら「鈴木社長」と書くか、「鈴木様（or 殿）」ですね）。ただ、#2の方のように「鈴木社長様（or 殿）」と書く方もいらっしゃるようですので、私の認識が絶対ではないのかもしれません。

　「社長、いらっしゃいますか？」それほど失礼ではありませんよ。

　ＴＶレポーターは、かならずアポイントを取っているからです。
　「社長」それ自体が敬称で、初対面ではないのですから。
　
　親しい取引先なら「社長、お見えですか？」と訊ねます。
　すると社員が「はいはい居りますとも！　さっきから首を長くして」
　こういう自然な会話が、もはや絶滅してしまいましたね。
　
　むかし京都の人は、期待と尊敬をこめて「学生はん」と呼びました。
　しかし「先生さん」と呼んだり云ったりしません。
　十年前から（なぜか）大学の就職担当者が「企業さん」と云います。
　
　「慣例だから、辞書に載ってるから、大学教授がテレビで云ってた」
　ほんとうは敬語や文法は、おなじ数だけ国語学者が存在するんですよ。
　よく考えれば、決してむずかしいはずはないのです。
　
　あなたが尊敬する人と、いつも同じように話せばいいのです。
　あなたの敬語を聞けば、あなたがどんな人を尊敬しているか分ります。
　あなたには、尊敬する人が、いないのですか？
　
　以上のような回答に、時々とんがらがって反応する質問者がいます。
　わたしに悪意はないんですよ（念のため）。
　それでも不愉快なら、わたしの他の回答を参照してください。

慣例として、メールなどでは「社長殿」というように「殿」を付けますが、これが敬称とすると、「社長」という肩書きには敬称が含まれていないように思います。

そういうことから「さん」を付けた方がいいように思います。

長のつく役職名はそれ自身が敬称ですから、社長いらっしゃいますか？でも良いと私は思います。

接続語を削らずに「社長はいらっしゃいますか？」「社長はご在席ですか？」くらいなら全くもって問題ないと思うのですが…。微妙なところですね。