クリムゾン・リヴァー

僕も見ました。

確かに良くわからないストーリー展開でしたよね。わかってる範囲でお答えします。
そもそも山間の閉ざされた大学が舞台で、しかも教授も学生も限られた家族が何代にも渡って世襲のような関係を続けているという設定でした。つまり結婚にしても親戚どうしが結婚し、優秀な子供を作り育てるという目的で近親相姦に近い状態が生まれていたという感じでした。
今まではかなり優秀な子供達が生まれてきていたのですが
最近は奇形にもにた子供が誕生していたのです。
そこで生まれた時に奇形の子供を殺し、他の子供とすり替えたりしていたんです。
きっと双子の姉妹も猟奇的な姉は子供の時に殺されるはずだったのでしょう。それを母親（尼）は助けていたのです。しかし回りの目をごまかすために、何処かで死んだ死体を身代わりに入れ替えておいたのです。指紋がのこらないように助けた自分の子供の指と身代わりにした（事故死に見せかけた）子供の指をそれぞれ切り落としたのです。
母親（尼）は気が狂ったふりをしていたんです。
それは母親自身も生まれながらに奇形で目に異常があったのです。刑事に暗い部屋で会うのは目の色を見られたくないからです。また自分の娘を助けたことを悟られないようにするためでもあったのです。
つまり真実とは。。。優秀な子供（将来のビルゲイツ）を作るために出来の悪い子供を密かに殺し、すりかえていることです。（町ぐるみでおこなっているのです。）
最後に爆薬によって雪崩を起こし町（とくに大学）を破壊しようとしたんです。いままで何人も殺されてきた人達や自分自身も殺されかけたことへの恨みからでしょう。
前半で猟奇的に殺された人達は闇から闇へ子供達を殺してきた（大学の真実を知っている）中心的な人達だったと考えられます。　おわかりになりましたか？