CPU使用率高い－該当プロセスなし

Windows 2000 SP4を使用しています。
新たにハードディスクを購入したので、まっさらな状態から新規インストールを行いました。Windows Updateが終わり、いくつかのプログラム（Firefox, Winzip, 秀丸, ビデオボードのドライバ）をインストールしたところで、タスクマネージャのパフォーマンスタブに表示されるCPU使用率が常に高いことに気がつきました。デュアルCPUマシンなのですが、常に40～47％くらいを示しています。これはひょっとしてスパイウェアかウィルスか何かかと思い、トレンドマイクロのサイトでスキャンもしてみましたが、何も見つかりませんでした。
原因をつきとめようと、再起動後、何のプログラムも立ち上げない状態で、タスクマネージャのプロセスタブを開き、片っ端からプロセスを終了しました。explorer.exeとTASKMGR.EXEを除き、終了できるものはすべて終了しました。その時点でのプロセス一覧は：

CSRSS.EXE
explorer.exe
imejpmgr.exe
LSASS.EXE
mstask.exe
SERVICES.EXE
SMSS.EXE
spoolsv.exe
svchost.exe
svchost.exe
svchost.exe
System
System Idle Process
TASKMGR.EXE
WINLOGON.EXE
WinMgmt.exe

こうなりました。この画面でのCPU使用率は99％が「System idle Process」になっています。
しかしながら、パフォーマンスタブが示すCPU使用率は、相変わらず45％前後です。

このような状態で、何がCPU使用率を引き上げているのかを突き止める方法は、ありますでしょうか？
ご助言よろしくお願いいたします。