基礎のアンカーボルトが曲がっています・・・

正直な話こういう施工不良？はよくありますね。

住宅メーカーの言うように多少曲がった位では問題無いと思います。
極端な話ですが、木造２階建てとすると転ぶ力よりも自重の方が大きいので転倒する事は無いです。（極端な話ですよ・・・アンカーボルトが無くて良いと言う訳じゃ無いです(*^_^*)
ただ心配なのは、安易な手直しです。
打ち込んであるアンカー部分を砕り、新規のアンカーを中心・真っ直ぐ据え付けモルタルなんかで固める手直しならやらない方がいいと思います。
（良く手直しというと嫌々こんな施工をする業者がいます。こんな手直しならひん曲がっていたアンカーの方がよっぽど強度があります）
あと、仮にhirattiさんが普請中の建物が木造３階建ての物ならチョット話が違います。
木３のアンカーボルトは２階建てのアンカーとは意味合いが違うので注意して下さい。
一般的な注意事項は（アンカーボルト）どうしてもアンカーのナットが緩んでしまいます。増し締めを業者に確認して下さい。心配でしたらダブルナットにしてもらいましょう。（程度によりますが手直しよりも良いと思います）

鉄骨造で柱材を基礎に固定するアンカーボルトなら問題ありますが、木造の住宅なら問題ないでしょう。

建築基準法にも施工指針にも規定は無いので法的な問題もないです。

木造建築のアンカーボルトは土台材を基礎に固定するのが目的なので
ちゃんとナットで締め付けてあれば大丈夫です。

ちなみに基礎の中心にはアンカーは入れにくいのです。
だって、ちゃんと施工してあれば、基礎の中心には「鉄筋」がありますから。(^^ゞ

高い買い物ですから不安なのはよく解ります。
お施主さんが積極的に建築に参加した家は良い物が出来ますので、これからも施工中に
疑問に思ったことは積極的に施工会社に質問することをお薦めします。

（でも、施工業者の説明に耳を貸してあげて下さいね。一施工業者からのお願いです。（笑））